Sejarah berdirinya Fakultas IAIN Palopo tidak dapat dipisahkan dengan sejarah berdiri IAIN Palopo. IAIN Palopo, sebelumnya adalah Fakultas Ushuluddin yang diresmikan pada tanggal 27 Maret 1968 dengan status filial dari IAIN Alauddin di Ujung Pandang. Selanjutnya berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 168 tahun 1968, status filial ditingkatkan menjadi fakultas cabang, dengan sebutan Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin Cabang Palopo. Tahun 1982, status Fakultas Cabang tersebut ditingkatkan menjadi Fakultas Madya dengan sebutan Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin di Palopo berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama Nomor 65 tahun 1982. Perkembangan selanjutnya dengan terbitnya Peraturan Pemerintah Nomor 33 Tahun 1985 tentang Pokok-pokok Organisasi IAIN Alauddin, Keputusan Presiden RI Nomor 9 Tahun 1987 tentang Susunan Organisasi IAIN, dan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 1988 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja IAIN Alauddin, Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin Palopo telah mempunyai kedudukan hukum yang sama dengan Fakultas-fakultas negeri lainnya yang ada di seluruh Indonesia. Pada tahun 1997 Fakultas Ushuluddin IAIN Alauddin di Palopo beralih status menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Palopo berdasarkan Keputusan Presiden RI Nomor 11 Tahun 1997 . Tahun ketiga setelah STAIN Palopo beralih status menjadi IAIN yaitu tahun 1999, Jurusan Syariah STAIN Palopo berdiri, dengan program Studi Muamalah yang kemudian menjadi Ekonomi Islam. Pada tahun yang sama juga terbentuk Program Studi Hukum Perdata Islam. Pada tanggal 14 Oktober 2014 dan diresmikan oleh Menteri Agama Republik Indonesia 23 Mei 2015 STAIN Palopo alih status menjadi IAIN Palopo, kemudian Jurusan Syariah STAIN Palopo berubah menjadi Fakultas Syariah IAIN Palopo yang membawahi 3 Program Studi, Program Studi Hukum Ekonomi Syariah adalah program studi terakhir yang ada di fakultas syariah setelah Hukum Keluarga  dan Hukum Tata Negara